La raccolta dei minerali, che comprende anche oggetti di interesse geologico e paleontologico, nasce dalla Donazione Airoldi (alcune centinaia di campioni) donata, nel 1857, da Airoldi all'Istituto di Geologia dell'Universitā di Palermo. I campioni mineralogici divennero dotazione dellIstituto di Mineralogia negli anni 20 quando esso venne istituito.
Il resto delle collezioni dei minerali e delle rocce del Dipartimento, ad esclusione di alcuni campioni di particolare interesse (meteoriti), si riferisce per la gran parte a materiale proveniente dall'orizzonte gessoso-solfifero siciliano del Miocene e a campioni raccolti nel territorio dell'Italia meridionale. La visita al Museo include anche la visita dei laboratori di ricerca del Dipartimento e lesecuzione di alcuni esperimenti didattici.